A las 7:30 a.m. del 24 de noviembre, Kristian Andersen, un investigador de enfermedades infecciosas de Scripps Research, recibió un mensaje en la plataforma de comunicación empresarial Slack: "Esta variante está completamente loca". Andrew Rambaut, de la Universidad de Edimburgo, estaba reaccionando a una nueva secuencia del genoma del SARS-CoV-2, el virus de la Covid-19, encontrada en tres muestras recogidas en Botswana el 11 de noviembre y una recogida una semana después en un viajero de Sudáfrica a Hong Kong.
Andersen miró los datos y luego respondió: Eso es bastante. La longitud de esa rama ..." Unos minutos más tarde agregó: "Acabo de echar un vistazo a la lista de mutaciones, muy locas".
La variante parecía haber recogido docenas de mutaciones, muchas de ellas conocidas por ser importantes para evadir la inmunidad o aumentar la transmisibilidad
Estaban hablando de lo que ahora se llama Omicron, una nueva variante de preocupación, y la rama larga que Andersen notó se refiere a su distancia a todos los demás virus conocidos en el árbol evolutivo del SARS-CoV-2.
La variante parecía haber recogido docenas de mutaciones, muchas de ellas conocidas por ser importantes para evadir la inmunidad o aumentar la transmisibilidad, sin secuencias intermedias en la base de datos de millones de genomas virales. El 23 de noviembre, después de detectar las extrañas secuencias en una base de datos global, Tom Peacock, virólogo del Imperial College de Londres, ya había publicado su propio veredicto en GitHub: "Esto podría ser de verdaderamente preocupante".
Ahora, una vez más, el mundo está observando cómo los investigadores trabajan noches y fines de semana para aprender lo que una nueva variante tiene reservado para la Humanidad. ¿Es Omicron más infeccioso? ¿Más mortal? ¿Es mejor para reinfectar a las personas recuperadas? ¿Qué tan bien evade la inmunidad inducida por la vacuna? ¿Y de dónde vino? Averiguarlo llevará tiempo, advierte Jeremy Farrar, jefe de Wellcome Trust: "Me temo que la paciencia es crucial".
La investigación en Sudáfrica
Los investigadores en Sudáfrica ya estaban analizando esta nueva variante. Varios equipos estaban tratando de averiguar de forma independiente por qué los casos estaban aumentando en Gauteng, una provincia del norte que incluye Johannesburgo y Pretoria. Y un laboratorio privado llamado Lancet había notado que las pruebas rutinarias de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) para el SARS-CoV-2 no detectaban un objetivo clave, el gen S, en muchas muestras, un fenómeno previamente visto con Alpha, otra variante de preocupación.
Nos sorprendió el número de mutaciones", dice Tulio de Oliveira, virólogo de la Universidad de KwaZulu-Natal e investigador principal de NGS-SA
Cuando Lancet secuenció ocho de estos virus, descubrieron por qué: el genoma estaba tan mutado que la prueba omitió el gen.
Lancet compartió los genomas con la Red para la Vigilancia Genómica en Sudáfrica (NGS-SA), que convocó una reunión urgente el 23 de noviembre. "Nos sorprendió el número de mutaciones", dice Tulio de Oliveira, virólogo de la Universidad de KwaZulu-Natal e investigador principal de NGS-SA.
Después de la reunión, cuenta De Oliveira, llamó al director general de salud de Sudáfrica y "le pidió que informara al ministro y al presidente que estaba surgiendo una posible nueva variante". El equipo secuenció otras 100 secuencias seleccionadas al azar de Gauteng en las siguientes 24 horas. Todos mostraron el mismo patrón. Después de informar al gobierno, de Oliveira y sus colegas presentaron sus pruebas en una conferencia de prensa en la mañana del 25 de noviembre.
La Organización Mundial de la Salud (OMS) designó al virus como una "variante de preocupación" y lo bautizó como Omicron
El 26 de noviembre, la Organización Mundial de la Salud (OMS) designó al virus como una "variante de preocupación" y lo bautizó como Omicron.
Superpropagación y Omicron
Una razón de preocupación es que las muestras secuenciadas indican que ha reemplazado rápidamente a otras variantes en Sudáfrica. Pero esa imagen podría estar sesgada.
Por un lado, la secuenciación podría haberse centrado en posibles casos de la nueva variante en los últimos días, lo que podría hacer que parezca más frecuente de lo que es. Los datos de PCR proporcionan una cobertura más amplia y una visión menos sesgada, pero también allí, las muestras con la falla del gen S indican un rápido aumento de Omicron.
Sudáfrica ha visto relativamente pocos casos recientemente, por lo que una serie de eventos de superpropagación podrían haber llevado al rápido aumento de Omicron
Pero el aumento de la frecuencia aún podría deberse en parte al azar. En San Diego, una serie de eventos de superpropagación en una universidad resultaron en una explosión de una cepa particular de SARS-CoV-2 a principios de este año, dice Andersen: "Fueron miles de casos y todos fueron el mismo virus". Pero el virus no era notablemente más infeccioso.
Sudáfrica ha visto relativamente pocos casos recientemente, por lo que una serie de eventos de superpropagación podrían haber llevado al rápido aumento de Omicron. "Sospecho que gran parte de esa señal se explica por eso y espero desesperadamente que así sea", apunta Andersen.
Andersen estima que el virus surgió en algún momento alrededor de finales de septiembre o principios de octubre, lo que sugiere que podría estar propagándose más lentamente de lo que parece
Basado en una comparación de diferentes genomas de Omicron, Andersen estima que el virus surgió en algún momento alrededor de finales de septiembre o principios de octubre, lo que sugiere que podría estar propagándose más lentamente de lo que parece.
Su confuso genoma
La otra razón para preocuparse es el confuso genoma de Omicron. Su proteína espiga, que se adhiere a las células de los receptores humanos, tiene 30 diferencias de aminoácidos con respecto al virus original de Wuhan, China. Además, los aminoácidos han desaparecido en tres lugares y otros nuevos han aparecido en un solo lugar. (Otras proteínas, también, han sufrido cambios.)
Muchos de los cambios en el pico se producen alrededor del dominio de unión al receptor, la parte de la proteína que hace contacto con la célula humana. "Eso es muy preocupante", indica Farrar. El mapeo de biología estructural el año pasado mostró que algunos de estos cambios hicieron que el virus se une al receptor mucho mejor.
Es difícil saber qué tan infeccioso es un virus basado solo en mutaciones, comenta Aris Katzourakis, biólogo evolutivo de la Universidad de Oxford
Es difícil saber qué tan infeccioso es un virus basado solo en mutaciones, comenta Aris Katzourakis, biólogo evolutivo de la Universidad de Oxford. "Pero si estuviéramos atentos a las mutaciones que afectan la transmisibilidad, las tenemos todas", detalla.
La secuencia también sugiere que el virus podría sobresalir en la evasión de anticuerpos humanos, dice Jesse Bloom, biólogo evolutivo del Centro de Investigación del Cáncer Fred Hutchinson. El sistema inmunitario humano produce una gran cantidad de anticuerpos diferentes que pueden neutralizar el SARS-CoV-2, pero muchos de los más importantes se dividen en tres categorías que se dirigen a un sitio ligeramente diferente en la proteína espiga del virus, simplemente llamada 1, 2 y 3.
Una mutación llamada E484K ha sido preocupante durante mucho tiempo porque cambia la forma del sitio que los anticuerpos de clase 2 reconocen, haciéndolos menos potentes. Omicron porta una mutación llamada E484A en este sitio y cambios similares en los sitios para las otras dos clases de anticuerpos.
Personas recuperadas de Covid-19 o vacunadas
Bloom cree que es poco probable que las personas que se recuperaron de Covid-19 o fueron vacunadas pierdan por completo su capacidad de neutralizar el virus. "Pero esperaría, basándome en esta combinación particular de mutaciones, que la caída en la neutralización sea mayor que para todas las otras variantes principales".
Los experimentos en el laboratorio tendrán que demostrar si tiene razón. Alex Sigal, investigador de enfermedades infecciosas en el Instituto de Investigación de Salud de África, dice que recibió hisopos con Omicron el 24 de noviembre y ha comenzado a cultivar el virus. Producir lo suficiente para probar contra los sueros de individuos vacunados y recuperados tomará una o dos semanas, señala.
Otros investigadores probarán virus genéticamente modificados para transportar solo la proteína espiga de Omicron, un proceso que es más rápido que el crecimiento de la variante en sí, pero un poco más alejado de lo que sucede en la vida real.
Los epidemiólogos también observarán los cambios en la gravedad de la enfermedad: cuántas personas son hospitalizadas y mueren. Todo eso llevará tiempo
A medida que se realizan tales estudios, es crucial monitorear de cerca cualquier cambio en la pandemia, aclara Farrar. El virus ya se ha recogido en Bélgica, el Reino Unido e Israel, señala, y probablemente también se encontrará en otros lugares. Los epidemiólogos también observarán los cambios en la gravedad de la enfermedad: cuántas personas son hospitalizadas y mueren. Todo eso llevará tiempo.
Mientras tanto, la Unión Europea, los Estados Unidos y muchos otros países han restringido los viajes hacia y desde el sur de África en un intento por protegerse. Es poco probable que las restricciones de viaje detengan la variante, manifiesta Farrar, pero pueden ganar algo de tiempo.
Fuente: Science.
