La muerte de su hijo Dino y la separación de su mujer, en 1956, hicieron que Enzo se dedicara en cuerpo y alma a la escudería que él mismo había creado, llegando a trabajar para ella siete días a la semana. Sin embargo, tras la muerte de su hijo prácticamente dejó de acudir a las carreras y se recluyó entre Módena y Maranello. Federico Giberti, uno de los ingenieros que trabajó con Enzo durante cerca de 51 años, rememora la parte humana de Ferrari: “A pesar de su supuesta dureza, a veces sobresalía un ser muy humano. En muchas ocasiones le he visto desesperado y sin consuelo por la enfermedad de su hijo Dino" Ese amor y entrega hacia el equipo (no en vano es famosa su frase “yo me he casado con el automóvil") no impidió que un año después se le acusara de homicidio involuntario. Uno de sus pilotos, Alfonso Portazgo, sufrió un accidente en la Mille Miglia que se saldó con su muerte y la de varios espectadores. Ferrari fue acusado de homicidio involuntario y hasta 12 años después no fue demostrada su inocencia. En la década de los 60 la crisis económica azotó a la escudería del “cavallino rampante", lo que provocó que Enzo tuviera que sopesar la opción de deshacerse de la compañía. Tras valorar una posible cesión total a Ford, finalmente se decidió por Fiat, con la que estipuló un acuerdo de coparticipación que se convirtió en participación total años después. La compañía de la familia Agnelli adquirió en 1969 el 50 por ciento de Ferrari y a la muerte de Enzo, en 1988, y gracias a un compromiso previo, se hizo con el 90 por ciento. Enzo Ferrari fue nombrado en el momento de la toma de control por parte de Fiat, presidente de honor de la marca y su papel terminó siendo cada vez menos preponderante.
El carácter de Enzo es uno de los aspectos que más opiniones enfrentadas ha generado entre sus biógrafos y estudiosos. Federico Giberti señala de él que “era muy político. Aunque muchas veces le bastaba con un ingeniero, siempre tenía dos o tres a sueldo. A cada uno de ellos le incitaba a pensar que cualquiera de los otros dos era superior, con lo que provocaba una rivalidad entre ellos". La relación con sus pilotos era de amor-odio: “Para que ninguno de sus corredores se sintiera imprescindible", continúa Giberti, “de vez en cuando favorecía al supuesto segundo corredor. Podía motivar a la gente del mismo modo que podía castigarla". De cuando en cuando solía tomar como protegido a algún joven piloto al que trataba como un hijo. Y es que sus pilotos eran su debilidad: “cualquiera que fuese mi relación con un piloto", reconocía el propio Ferrari, “cuando le despedía antes de una competición, le abrazaba y besaba como si fuese la última vez. Sabía que marchaba a una carrera, pero nadie me aseguraba que iba a volver". A pesar de su dureza, Ferrari era un hombre sencillo que no alardeaba ni cometía excesos económicos, y aunque tenía un Ferrari para uso personal, prefería utilizar coches más modestos: “¿Por qué llamar la atención?", repetía. Era un hombre difícil, un hombre duro, pero lo que no se puede dudar es que fue un gran hombre. Todos los aficionados de Ferrari y los amantes de los automóviles deportivos le dan las gracias.