Encontradas variantes de Covid-19 en aguas residuales semanas antes de aparecer en las pruebas

Investigadores en California han logrado una gran cantidad de datos de los desechos del inodoro. Por primera vez, los científicos han podido detectar variantes del virus de la Covid-19 en aguas residuales semanas antes de que aparecieran en las clínicas de prueba.

Las muestras de aguas residuales podrían ayudar a detectar nuevas variantes del SARS CoV 2 de forma temprana.
Las muestras de aguas residuales podrían ayudar a detectar nuevas variantes del SARS CoV 2 de forma temprana.

Los datos procedentes de aguas residuales rastrearon "ola tras ola de diferentes virus", explica Rob Knight, microbiólogo de la Universidad de California, San Diego (UCSD) y coautor del estudio, que se publicó en Nature el 7 de julio. Knight anuncia que la técnica podría finalmente usarse para rastrear variantes emergentes y acelerar la respuesta de salud pública. "Cuando llegue la próxima cepa, estaremos listos para ella", apunta.

Los grupos de investigación de todo el mundo han utilizado la vigilancia de aguas residuales para rastrear el SARS-CoV-2, pero estos enfoques generalmente detectaron solo la presencia y la cantidad del virus. Esto se utilizó para estimar la cantidad de transmisión en una comunidad. Pero, los esfuerzos para identificar qué variantes circulaban y qué tan prevalentes eran han estado plagados de datos de baja calidad.

El equipo de California también desarrolló una herramienta, llamada Freyja, para identificar las variantes presentes en cada muestra y su abundancia relativa

Para superar esto, el equipo en California desarrolló un método que utiliza nanoperlas para aumentar la cantidad de ARN viral que se puede secuenciar a partir de una muestra de aguas residuales. Las técnicas anteriores permitieron a los científicos secuenciar no más del 40% del ARN viral en una muestra, mientras que el método de nanoperlas permitió a los investigadores hacerlo con casi el 95%. El equipo de California también desarrolló una herramienta, llamada Freyja, para identificar las variantes presentes en cada muestra y su abundancia relativa.

Muestras de aguas residuales

Para probar sus métodos, los científicos pasaron casi un año recolectando muestras de una planta de tratamiento de aguas residuales en San Diego que da servicio a alrededor de 2,3 millones de personas. La recolección de datos comenzó en febrero de 2021. También recolectaron aguas residuales de pozos de mantenimiento y de tuberías en más de 130 sitios en el campus de UCSD durante diez meses.

Los científicos pasaron casi un año recolectando muestras de una planta de tratamiento de aguas residuales.
Los científicos pasaron casi un año recolectando muestras de una planta de tratamiento de aguas residuales. Foto: IStock.

Los investigadores detectaron las variantes Alfa y Delta del coronavirus en aguas residuales hasta dos semanas antes de que las cepas fueran recogidas mediante hisopados y pruebas a las personas en clínicas. También detectaron Ómicron aproximadamente diez días antes de que la primera persona diera positivo en San Diego, y rastrearon el aumento de la variante BA.1 de ésta en la población.

En el campus de UCSD, los investigadores detectaron consistentemente Alfa, Delta y una variante menos conocida, Épsilon, que se encontró principalmente en los Estados Unidos. Esto fue sorprendente, porque hubo semanas durante las cuales esas variantes casi habían desaparecido de la vigilancia clínica, asegura el coautor Joshua Levy, matemático aplicado del Instituto de Investigación Scripps en La Jolla, California.

Pero, aún no está claro si la técnica funcionará para rastrear las variantes de rápida propagación de Ómicron BA.4 y BA.5, que han sido difíciles de distinguir entre sí

Pero, aún no está claro si la técnica funcionará para rastrear las variantes de rápida propagación de Ómicron BA.4 y BA.5, que han sido difíciles de distinguir entre sí, indica Ana María de Roda Husman, investigadora de enfermedades infecciosas en el Instituto Nacional de Salud Pública y Medio Ambiente de los Países Bajos en Bilthoven. Levy revela que han podido distinguir entre las dos variantes en un muestreo más reciente.

La perspectiva de un sistema de alerta temprana para variantes específicas aún podría estar a un tiempo de distancia, comenta Phong Thai, científico ambiental de la Universidad de Queensland en Brisbane, Australia, dado que se tarda cerca de dos semanas en procesar los resultados después de recolectar una muestra. "Si quieres hacer una herramienta realmente útil para la salud pública, tiene que devolver el resultado en cuestión de días", manifiesta Thai.

Pero, Knight asegura que el equipo ha logrado acortar el tiempo que lleva secuenciar muestras, de semanas a días, lo que es un "cambio de juego".

Fuente: Nature.

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